Dyskusja na temat dworca trwa już długo. Od 2017 roku trzy stowarzyszenia, dążą do uznania istniejących budynków dworca za zabytkowe. Ich działania prowadzą do wstrzymania prac przy tym bardzo potrzebnym przedsięwzięciu.
9 maja 2019 roku w tej sprawie konferencję na olsztyńskim dworcu zwołali posłowie Iwona Arent, Krzysztof Jurgiel i Jerzy Małecki. Parlamentarzyści PiS wystosowali do Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego Magdaleny Gawin interwencję, w której proszą o niewpisywanie obiektu do rejestru zabytków. Pod pismem podpisali się także posłowie reprezentujący Platformę Obywatelską, Polskie Stronnictwo Ludowe i Kukiz’15. Wspólna inicjatywa ma odblokować rozpoczęcie niezbędnych prac przy dworcu, który nie jest dobrą wizytówką dla Olsztyna.
Jednym z zaproponowanych pomysłów inwestora jest wyburzenie istniejącego obiektu i wybudowanie nowego o wysokim standardzie, przystosowanego do potrzeb wszystkich podróżujących, także osób z niepełnosprawnościami ruchowymi lub wybudowanie tej infrastruktury z zachowaniem ewentualnych elementów, które można uznać za zabytkowe. Pomysł zakłada również połączenie kładką lub przejściem podziemnym olsztyńskiego osiedla Zatorze, które obecnie jest oddzielone od pozostałej części miasta torowiskiem. W inwestycji uczestnictwo zadeklarował właściciel sąsiadującego dworca PKS, który zobowiązał się do wybudowania nowego dworca autobusowego z funkcją handlowo-usługową.
Niestety protesty ze strony stowarzyszeń, które postulują uznanie dworca za zabytkowy, powodują, że prace mogą się nie rozpocząć, a pieniądze na tę inwestycje zostaną przeznaczone na inne działania.
